根据《国务院关于投资体制改革的决定》(国发[2004]20号)的要求，把投资项目划分为政府投资项目和企业投资项目。企业投资项目不再实行审批制，区别不同情况实行核准制和备案制。其中，政府只对重大项目和限制类项目从维护社会公共利益角度进行核准，其他项目无论规模大小均改为备案制。对于企业使用政府补助、转贷、贴息投资的建设项目，政府只审批资金申请报告。实行核准制的投资项目，投资者仅需向政府提交项目申请报告，政府不再批准项目建议书、可行性研究报告和开工报告等;对于实行备案制的投资项目，除国家另有规定外，由投资者按照属地原则向地方政府主管部门备案。政府投资项目仍然实行审批制：对于政府投资项目，采用直接投资和资本金注人的，只从投资决策角度审批项目建议书和可行性研究报告，除特殊情况外不再审批开工报告，同时应严格政府投资项目的初步设计、概算审批工作。

对于实施核准制或登记备案制的项目，虽然政府不再审批项目建议书和可行性研究报告，但为了保证企业投资决策的质量，企业也应该编制可行性研究报告。

上述三种行政许可制度存在一定的区别，体现在以下几个方面：

(1)适用对象上的区别

①审批制：企业使用政府投资建设的项目。

②核准制：重大项目、限制类项目(从维护社会公共利益角度进行核准)。由国务院颁发的《企业投资项目核准和备案管理条例》(国务院令第673号)和《政府核准的投资项目目录(2016年本)》确定，一般各个省也会出具更为细化的核准目录。③备案制：除目录以外的企业投资项目一律实行备案制，无论规模大小。

2)审查内容上的区别

①审批制：审查很详细，审查速度慢，审查内容包括项目建议书、可行性研究报告、初步设计、概算等；

②核准制：主要从维护国家经济安全、合理开发利用资源、保护生态环境、优化重大布局、保障公共利益等方面进行核准审查。国家出台《企业投资项目核准和备案管理办法》对核准审查内容作出规定。项目核准机关审查项目主要有A.是否危害经济安全、社会安全、生态安全等国家安全;B.是否符合相关发展建设规划、产业政策和技术标准;C.是否合理开发并有效利用资源;D.是否对重大公共利益产生不利影响；

③备案制：备案制的具体实施办法是由省级人民政府自行制定的。备案机关对申报备案项目主要从以下方面进行核查：A.是否符合有关法律、法规、规章和产业政策、生产力布局和行业准入标准;B.是否符合即期宏观调控政策;C.是否符合应予备案的项目范围。

另外经济特区或者其他一些地区的政府也有制定自己的备案管理办法。

(3)审查力度的区别

在审查力度上，审批制>核准制>备案制。

(4)环境影响评价(简称环评)时间的区别

①审批制：先报送项目建议书，建议书批复下来后进行环评(同时进行规划选址、土地预审等手续)，然后编制可行性研究报告(简称可研)，环评批复作为可研附件上报，政府部门给出可研批复，最后办理规划许可、用地许可等正式手续；

②核准制：先进行环评(同时进行选址、土地预审等手续)，然后编制核准申请报告，环评作为申请报告附件，政府部门给出核准批复，最后办理规划许可、用地许可等正式手续；

③备案制：先上报备案申请表，备案成功后，进行环评(同时办理规划许可、用地许可等正式手续)。